Le village remonte au IXe siècle et s’est appelé Neuilly les Belles Cloches.
La commune compte 120 habitants, elle a une superficie de 1 393 hectares avec environ 80 hectares de forêts et bois communaux.
L’habitat est réparti sur le Bourg et 4 hameaux : Flassy – Olcy – Les Bordes – La Grange Journeau.
Les maires de la commune de Neuilly :
- An IV (1795) – 1815 : LECUYER Abraham.
- 1815 – 1830 : BARON.
- 1830 – 1840 : LECUYER Nicolas-Armand.
- 1840 – 1848 : BARON Valentin.
- 1848 – 1858 : NANTIER Léger.
- 1858 – 1863 : BARON Valentin.
- 1863 – 1876 : NANDROT Guillaume.
- 1876 – 1878 : CHAUFOURNIER Guillaume.
- 1878 – 1881 : GOBY Jean.
- 1881 – 1881 : GUITTON Guillaume.
- 1881 – 1884 : CHAMPEROUX Léonard.
- 1884 – 1920 : NANDROT Nicolas.
- 1920 – 1938 : GOBY Louis.
- 1938 – 1944 : COURTOUX Louis.
- 1944 – 1945 : MOUGNEAU Marcel.
- 1945 – 1959 : MERLAND Victorin.
- 1959 – 1976 : GAUJOUR Maxime.
- 1976 – 1983 : VERRIER Lucien.
- 1983 – 2008 : PONT Geneviève.
- 2008 – 2020 : GIBKI Denise.
- 2020 – 2026 : HENNEAUX Marie-Françoise.
La commune faisait partie de l’ex communauté de commune du Val du Beuvron dont le regroupement avec Tannay et Corbigny forme maintenant la nouvelle communauté de communes présidée par Monsieur Jean Charles Rochard.